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結(jié)合蛋白質(zhì)互作與基因表達(dá)譜信息大范圍預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的精細(xì)功能
GESTs(gene expression similarity and taxonomy similarity)是結(jié)合基因表達(dá)相似性和基因功能分類體系Gene Ontology(GO)中的功能概念相似性測(cè)度進(jìn)行功能預(yù)測(cè)的新方法.將此預(yù)測(cè)算法推廣應(yīng)用于蛋白質(zhì)互相作用數(shù)據(jù),并提出了幾種在蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)中為功能待測(cè)蛋白質(zhì)篩選鄰居的方法.與已有的其它蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)方法不同,新方法在學(xué)習(xí)過(guò)程中自動(dòng)地從功能分類體系中的各個(gè)功能類中選擇最合適的盡可能具體細(xì)致的功能類,利用注釋于其相近功能類中的互作鄰居蛋白質(zhì)支持對(duì)此具體功能類的預(yù)測(cè).使用MIPS提供的酵母蛋白質(zhì)互作信息與一套基因表達(dá)譜數(shù)據(jù),利用特別針對(duì)GO體系結(jié)構(gòu)層次特點(diǎn)設(shè)計(jì)的3種測(cè)度,評(píng)價(jià)對(duì)GO知識(shí)體系中的生物過(guò)程分支進(jìn)行蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)的效果.結(jié)果顯示,利用文中的方法,可以大范圍預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的精細(xì)功能.此外,還利用此方法對(duì)2004年底Gene Ontology上未知功能的蛋白質(zhì)進(jìn)行預(yù)測(cè),其中部分預(yù)測(cè)結(jié)果在2006年4月發(fā)布的SGD注釋數(shù)據(jù)中已經(jīng)得到了證實(shí).
作 者： 高磊 李霞 郭政 朱明珠 李彥輝 饒紹奇 作者單位： 高磊,朱明珠,李彥輝(哈爾濱醫(yī)科大學(xué)生物信息學(xué)系,哈爾濱,150086)李霞,郭政(哈爾濱醫(yī)科大學(xué)生物信息學(xué)系,哈爾濱,150086;同濟(jì)大學(xué)生命科學(xué)與技術(shù)學(xué)院,上海,200092)
饒紹奇(哈爾濱醫(yī)科大學(xué)生物信息學(xué)系,哈爾濱,150086;Departments of Molecular Cardiology and Cardiovascular Medicine,the Cleveland Clinic Foundation,9500 Euclid Avenue,Cleveland, Ohio 44195,USA)
刊 名： 中國(guó)科學(xué)C輯 ISTIC PKU 英文刊名： SCIENCE IN CHINA (SERIES C) 年，卷(期)： 2006 36(5) 分類號(hào)： Q5 關(guān)鍵詞： 基因表達(dá)譜 蛋白質(zhì)互作 Gene Ontology 相似性 距離 蛋白質(zhì)功能 預(yù)測(cè)【結(jié)合蛋白質(zhì)互作與基因表達(dá)譜信息大范圍預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的精細(xì)功能】相關(guān)文章：
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